Metal Gear Solid Portable Ops nás zavede do roku 1970. Naked Snake aka Big Boss se ujal velení speciální jednotky FOX, která však velmi záhy důvěru svého velitele zradila, vymkla se kontrole a zřídila si středisko na obsazené vojenské základně kdesi v jihoamerické džungli (poloostrov s něžným názvem La Peninsula de los Muertos, neboli poloostrov mrtvých). Společně s tím členové jednotky FOX vyfoukli CIA před nosem pár jaderných hlavic, které hodlají poslat směr Sovětský Svaz – to aby pošťouchli události doposud nechutně studené války směrem ke konfliktu poněkud žhavějšímu.